Ekstrakurikuker yang ada di SMP Negeri 3 Yogyakarta adalah sebagai berikut
1. ESC (English Speaking Club)
2. Robotic
3. Paduan Suara
4. Band
5. Tar Kwon Do
6. Jurnalistik
7. Basket
8. PMR
9. KIR
10. Tonti
11. Bulu Tangkis
12. Seni Tari Tradisional
13. Karawitan
