Pada tahun 1945 sampai dengan 1946 di Daerah Istimewa Yogyakarta, baru ada 3 buah SMP Negeri. Padahal waktu itu Yogyakarta adalah ibu kota Republik Indonesia. Adapun 3 buah SMP Negeri itu adalah :
SMP Negeri 1 Yogyakarta yang beralamat di Jalan Cik Dik Tiro (tetap sampai sekarang), SMP Negeri 2 Yogyakarta yang beralamat di Jalan Senopati, SMP Putri Yogyakarta yang beralamat di Kota Baru (sekarang SMA Stella Duce).
Saat itu banyak anak yang berniat masuk ke sekolah negeri termasuk yang datang dari luar kota, karena peminat yang sangat banyak SMP Negeri tidak dapat menampung anak-anak tersebut.
Hal ini menjadikan keprihatinan para pejabat daerah, terutama Kantor Pendidikan Daerah Wilayah Praja. Maka atas persetujuan Sri Sultan Hamengku Buwono IX, pada Tanggal 1 September 1946 kantor Pendidikan Daerah Wilayah Praja mendirikan SMP yang waktu itu diberi nama SMP Kasultanan.
SMP Kasultanan pada waktu itu baru memiliki 3 ruang kelas Yakni : Ia, Ib, Ic. Dimana jabatan Kepala Sekolah pertama dipercayakan kepada Bpk. Sudibyo, seorang tokoh pramuka. Guru-guru yang ada saat itu baru 10 orang.
SMP ini diresmikan oleh pejabat daerah pada saat itu yaitu: KRT Siswodiharjo dan KRT Notobroto.
Pada tanggal 1 Nopember 1947 seiring dengan berkembangnya waktu SMP Kesultanan yang semakin banyak peminatnya serta gurunya yang bertambah, akhirnya SMP Kasultanan diambil alih oleh pemerintah dan berubah menjadi SMP Negeri 3 Yogyakarta. Setelah jabatan Kepala Sekolah diganti oleh Bp. Pinandoyo tidak lama lagi jabatan Kepala Sekolah yang ke tiga kembali diganti oleh Bpk. I Hutauruk semakin berkembang.
Pada Tanggal 19 Desember 1948 terjadi Class (Pertempuran) di kota Yogyakarta, SMP Negeri 3 yang saat itu gedungnya masih bersama dengan SMP Negeri 2 hancur dan SMP Negeri 3 tidak bisa menggunakan SMP Negeri 2 sebagai lokasi. Akhirnya SMP Negeri 3 pinjam gedung SR Keputren, saat itu untuk tempat sementara.
Pada th 1949 sampai 1950 Kepala Sekolah SMP Negeri 3 Yogyakarta dijabat oleh Bp.Supardi. Pada saat inilah berkat perjuangan beliau SMP Negeri 3 bisa bertempat di Jalan Pajeksan No.18 Yogyakarta sampai dengan sekarang.
Tepatnya pada tanggal 2 mei 1950 SMP Negeri 3 Yogyakarta menduduki gedung barunya. SMP Negeri 3 Yogyakarta pernah disebut sebagai SMP Perjuangan karena pernah dititipi anak-anak tentara pelajar
